Al pianoterra è esposta la collezione civica di egittologia, circa un migliaio di reperti raccolti a partire dall’Ottocento grazie agli interessi collezionistici della borghesia triestina, tra i quali tre mummie, statue, amuleti, vasi canopi e altri materiali greco-romani, copti e islamici.

La sezione del periodo romano proviene in gran parte da Aquileia, Tergeste e dall’Istria. Il nucleo della collezione fu acquisito nel 1870 dal farmacista triestino Vincenzo Zandonati che raccolse oltre 34.500 pezzi. Notevoli i frammenti di rilievo raffiguranti l’Amazzonomachia della fine del II secolo d. C. ritrovati nella Cattedrale di San Giusto. Sono esposte sculture risalenti al periodo tra il I secolo a. C. e il III d.C., con esempi di ritrattistica privata e imperiale, divinità del Pantheon romano in pietra e bronzetti; inoltre ci sono anche lucerne, gioielli e gemme incise, urne sepolcrali in vetro soffiato e i corredi rinvenuti nella necropoli di San Servolo.

Al primo piano si trovano le sale dedicate alla Preistoria e Protostoria locale con materiali paleolitici provenienti dalla Grotta Pocala di Aurisina, manufatti neolitici ritrovati nella Grotta dell’Orso di Gabrovizza, in quella della Tartaruga di Borgo Grotta Gigante, nelle Gallerie di San Dorligo della Valle e nella Grotta del Mitreo di Duino, nonché reperti dei numerosi castellieri protostorici del territorio e delle necropoli, come quella di Santa Lucia di Tolmino, risalente all’età del ferro e quella “celtica” di San Canziano. Segue la sezione riservata ai vasi greci: un repertorio di ceramica attica e magnogreca dall’età arcaica fino a tutto il periodo ellenistico, dove si possono ammirare esemplari corinzi, attici, apuli ed etruschi, provenienti in gran parte dalla collezione Fontana Sartorio. Ci sono, inoltre, le vetrine dedicate alle scritture dell’Antichità che presentano esempi di geroglifici sumerici, egizi, caratteri cuneiformi babilonesi, iscrizioni greche e latine. Visitabile anche il deposito della Collezione Tarentina – quasi duemila reperti tra rilievi e figure in terracotta, antefisse e vasi, marmi, un’oinochoe in bronzo e il famosissimo rhyton d’argento a testa di cerbiatto – e la Collezione Cipriota, con recipienti e idoletti fittili. La donazione di un significativo nucleo di ceramica maya proveniente da El Salvador ha permesso, infine, di allestire la sala intitolata a Cesare Fabietti dedicata alle civiltà precolombiane del Centro America.

L’Orto Lapidario custodisce epigrafi, monumenti e sculture di epoca romana come i Rilievi del cosiddetto “Ponte di Ronchi”, la statua acroteriale raffigurante un’Aura del monumento degli Aquatori Feroniensi e il Propileo monumentale di San Giusto; nonché il Cenotafio di Johann Joachim Winckelmann (Stendal 1717 – Trieste 1768). Il Giardino del Capitano conserva sculture, lapidi ed iscrizioni di epoca medioevale e moderna.